Premier point de contact avec les navires et l’interface entre tous les usagers du port, la capitainerie est le cœur opérationnel de l’activité portuaire. La capitainerie de Rouen est assistée par les tours radar de Honfleur et Port-Jérôme. Son périmètre d’actions s’étend de l'entrée du chenal de la Seine (dès Honfleur) jusqu'au port amont (pont Gustave Flaubert).